НДС подлежит начислению со всей суммы агентского вознаграждения, полученного от принципала. Вы действительно понесете "убыток" в связи с тем, что Ваш субагент не является плательщиком НДС. На мой взгляд, указанная ситуация по своей сути не отличается от, например, покупки материалов или товаров у лица, не являющегося плательщиком НДС, в случае которой Ваша выручка будет облагаться НДС полностью, а к вычету Вы принять НДС не сможете.