Согласно ст. 45 НК РФ налогоплательщик обязан самостоятельно исполнить обязанность по уплате налога. Порядок возврата или зачета сумм излишне уплаченных налогов предусмотрен ст. 78 НК РФ. В данной статье не предусмотрена зависимость предоставления прав одному налогоплательщику от выполнения обязанностей другим налогоплательщиком. Руководство одним физическим лицом несколькими юридическими лицами - это еще не повод для отказа в удовлетворении законных интересов налогоплательщика-юридического лица. Может быть в Вашей ситуации присутствуют другие моменты, которые позволили налоговым органам отказать в возврате (зачете) сумм излишне уплаченных налогов? Налоговые органы должны сообщить Вам о причине отказа с указанием конкретных статей и пунктов НК РФ. В случае несогласия с полученным решением Вы вправе обжаловать его в порядке,предусмотренным ст. 137-139 НК РФ.

Для эффективной подачи налоговой декларации по налогу на доходы физических лиц (Форма 3-НДФЛ) рекомендую воспользоваться Программой «Декларация 2011» предназначена для автоматизированного заполнения налоговых деклараций по налогу на доходы физических лиц (форма 3-НДФЛ и форма 4-НДФЛ) за 2011 год. http://3-ndfl.com/programma-deklaraciya/programma-deklaraciya-2011/