Согласно гл. 26.2 НК РФ плательщики УСНО не являются налогоплательщиками НДС, поэтому и не должны выставлять счета-фактуры с выделенной суммой налога. Хотя НК РФ (п.5 ст.173 НК РФ) и допускает вероятность выставления счета-фактуры лицом, не являющимся налогоплательщиком НДС, но это фактически, нарушение налогового законодательства. В письме ФНС РФ от 6 мая 2008 г. N 03-1-03/1925 выражена позиция ФНС по данному вопросу - налог по счетам-фактурам, выставленным с нарушением, приниматься к вычету не должен. Поэтому оспорить решение ИФНС вам будет, скорее всего сложно. По поводу факта "скрытия" со стороны ИП, то согласно позиции налоговых органов и практики, вы должны проявлять необходимую и достаточную осмотрительность при выборе контрагента, т.е. должны удостоверится в его добросовестности. Если нужна более подробная консультация, то можете написать мне на почту auditorym@mail.ru.