Вам надо смотреть региональный закон. Например в Смоленске: Розничная торговля, осуществляемая через объекты стационарной торговой сети с площадью торгового зала не более 50 квадратных метров по каждому объекту организации торговли стоимость патента зависит от количества обособленных объектов (1, 2, ... более 10).

Т.е. патент один (на вид деятельности - торговлю), но учитывается кол-во объектов торговли в стоимости патента.