Требования контрагента правильные. Так как вы,очевидно налогоплательщик НДС, то вы обязаны исчислить с этой реализации НДС, уплатить сумму налога в бюджет. Поэтому вам в любом случае необходимо составить новые правильные документы, составить доп. лист к книге продаж за период реализации, составить и представить уточненную декларацию, провести операцию по начислению НДС в бухучете. Если ошибка влияет и на прибыль - то, соответственно, внести исправления и в расчет налога на прибыль. Ваш контрагент, получив счет-фактуру и документы, также проведет операцию в бух.учете. Так как счет-фактура будет получена только сейчас, то и вычет возможет только в периоде получения счета-фактуры. Если платеж был произведен без суммы НДС, то контрагент должен будет доплатить НДС. Если фактически с НДС, но в платежках не было указано "в том числе НДС", то желательно обменяться письмами "считать текст "в т.ч. НДС ...". Вся процедура и сумма исправлений зависит от того, что вы сделали - забыли начислить НДС и, таким образом, общая сумма платежа оказалась меньше суммы реализации с НДС или забыли выделить НДС при сохранении общей суммы платежа за реализацию. В первом варианте требуется меньше исправлений в бухгалтерском и налоговом учете, во втором - больше.