В соответствии с п. 14 ст. 250 НК РФ, в состав внереализационных расходов относятся доходы в виде использованных не по целевому назначению имущества (в том числе денежных средств), работ, услуг, которые получены в рамках благотворительной деятельности (в том числе в виде благотворительной помощи, пожертвований), целевых поступлений, целевого финансирования, за исключением бюджетных средств.

Таким образом, налог на прибыль уплачивается благотворительной организацией в случае, если она не может подтвердить, что средства израсходованы на целевые нужды.