Согласно п.п.2 п.2.2 ст.346.26 НК РФ - на уплату единого налога не переводятся организации, в уставном капитале которых доля участия других организаций составляет более 25%. Обособленное подразделение - это часть организации. Таким образом, ваша организация применять ЕНВД не может.