как обычно: регистрируется счет-фактура, которая выписывается себе самой на сумму арендной платы с суммой НДС, уплаченной в бюджет(только на сумму, уплаченную арендатору и относимую на расходы данного периода). Заверяется такая счет-фактура своей печатью и подписями должностных лиц вашей организации (Вы выступаете налоговыми агентами)Гл 21 НК РФ ст 161, Письмо Госналогслужбы от 20.03.97г №ВЗ-2-03/260(хоть и старое, но действующее)