Правильно ли я понимаю, Вы имеете ввиду, что при переходе Вашей организации с УСНо на ОСНО у вас есть особый порядок про НДС, и можно ли по этому порядку уплаченный НДС принять к вычету.

Поскольку здание было реализовано в периоде, когда ваша организация находилась на общей системе налогообложения, операция по реализации здания облагалась НДС, и с решением налогового органа по начислению указанного НДС Вы согласились, в общем порядке НДС, уплаченный по решению налоговых органов, к вычету принимать нельзя, поскольку отсутствуют основания для такого вычета.